يعنى قسم هندسة البرمجيات والنظم المبتكرة بتوطين التطبيقات الحاسوبية، وبالبرمجيات مفتوحة المصدر، وبتحليل وتصميم النظم الحاسوبية. وتشمل اهتمامات القسم المجالات التالية:

>> مشاريع تتعلق بالبرامج مفتوحة المصدر.
>> الشفرة الخيطية (أو الباركود) ثنائية الأبعاد والعلامات المائية.
>> البيانات الحيوية.